了解RNA提取技術(shù)的前世今生,輕松搞定血液RNA樣本!
RNA是基因表達(dá)的中間產(chǎn)物,存在于細(xì)胞質(zhì)與核中。RNA的提取是分子生物學(xué)研究的基礎(chǔ),在進(jìn)行cDNA文庫構(gòu)建、體外反轉(zhuǎn)錄、實(shí)時熒光定量PCR、Northern雜交分析等下游分子生物學(xué)實(shí)驗時都需要高質(zhì)量、高純度及完整性好的RNA。然而RNA很是“嬌弱",一不小心就會提取失敗。究其原因主要是RNase的內(nèi)外源性污染。RNase是一種相對穩(wěn)定遍布我們生活的一種核酸內(nèi)切酶,比如我們的雙手、實(shí)驗儀器、周圍環(huán)境,甚至樣品本身都有RNase的存在,它能催化RNA高效降解,因此能否有效防止RNase的污染,是提取高質(zhì)量RNA的關(guān)鍵。
1. RNA簡介
RNA是核糖核酸,其簡稱來自于RiboNucleicAcid,是存在于生物細(xì)胞以及部分病毒、類病毒中的遺傳信息載體。RNA是由核糖核苷酸經(jīng)磷酸二酯鍵縮合而成的長鏈狀分子。與DNA不同,RNA一般為單鏈長分子,以DNA的一條鏈為模板,以堿基互補(bǔ)配對原則,轉(zhuǎn)錄而形成的一條單鏈,主要功能是實(shí)現(xiàn)遺傳信息在蛋白質(zhì)上的表達(dá),是遺傳信息向表型轉(zhuǎn)化過程中的橋梁。有些生物,例如一些病毒,也直接使用RNA作為遺傳信息的載體,如(SARS-CoV-2)。
2. RNA提取基本原理及原則
不同組織總RNA提取實(shí)質(zhì)就是將細(xì)胞裂解,釋放出RNA,并通過不同方式去除多糖、酚類、蛋白以及DNA等雜質(zhì),通過一系列的抽提、洗滌和沉淀,最終獲得高純RNA產(chǎn)物的過程。而RNA提取原則主要有4點(diǎn):1. 保證RNA銷售結(jié)構(gòu)的完整性;2. 提取的RNA樣品中不應(yīng)存在對酶存在抑制作用的有機(jī)溶劑及過高濃度的金屬離子;3. 其他生物大分子如蛋白質(zhì)、多糖和脂類分子的污染應(yīng)降低到程度;4. 排除其它核酸分子(DNA)的污染。
3. RNA 提取技術(shù)的發(fā)展歷程
隨著RNA的深入研究和廣泛應(yīng)用,RNA提取純化技術(shù)也得到了很大的發(fā)展,從廣泛使用地傳統(tǒng)手工法RNA提取發(fā)展為通過核酸提取儀來自動化提取RNA。
(1)傳統(tǒng)手工法RNA提取技術(shù)
早期的RNA提取技術(shù)
早期的RNA提取技術(shù)是異硫氰酸胍氯化銫超速離心法,其原理是使用蛋白質(zhì)變性劑異硫氰酸胍有效抑制RNA酶的活性,經(jīng)過氯化銫介質(zhì)進(jìn)行密度梯度超速離心,使RNA沉淀于管底,但這種提取方法操作復(fù)雜、流程長,一次提取的樣品數(shù)量有限并且對實(shí)驗設(shè)備要求高。后來為解決沒有超速離心等科研設(shè)備問題,科學(xué)家們提出了鹽酸胍-有機(jī)溶劑法,利用胍鹽抑制RNA酶,勻漿裂解細(xì)胞,有機(jī)溶劑抽提去除蛋白質(zhì),通過選擇性沉淀RNA分子而去除DNA,這種方法雖然解決了沒有超速離心機(jī)的問題,但整個操作過程繁雜費(fèi)時。
Trizol法RNA提取技術(shù)
隨著科學(xué)技術(shù)的發(fā)展,又出現(xiàn)了很多手工提取純化RNA的技術(shù),其中的是Trizol法。Trizol試劑的主要成分是苯酚和異硫氰酸胍。苯酚的主要作用是裂解細(xì)胞,使細(xì)胞中的蛋白、核酸物質(zhì)解聚得到釋放。苯酚雖可有效地變性蛋白質(zhì),但不能抑制RNA酶活性。異硫氰酸胍是強(qiáng)有力的蛋白質(zhì)變性劑,既能迅速溶解蛋白質(zhì),導(dǎo)致細(xì)胞結(jié)構(gòu)破碎,核蛋白由于其二級結(jié)構(gòu)的破壞消失而迅速與核酸分離,又對RNA酶有強(qiáng)烈的變性作用。當(dāng)加入氯仿時,它可抽提酸性的苯酚,而酸性苯酚可促使RNA進(jìn)入水相,離心后可形成水相層和有機(jī)層,這樣RNA與仍留在有機(jī)相中的蛋白質(zhì)和DNA分離開。水相層(無色)主要為RNA,有機(jī)層(黃色)主要為DNA和蛋白質(zhì)。Trizol試劑不但可用于小量樣品,也可用于大量樣品,對動物、植物、細(xì)菌、血液提取都適用,可同時處理大量不同樣品。
柱提法和磁珠法RNA提取技術(shù)
Trizol法雖然被廣泛使用,得到的RNA的質(zhì)量也較好,但是Trizol試劑本身對身體有害。因此手工提取RNA法又陸續(xù)涌現(xiàn)了新的技術(shù),如硅膠柱提法和手工磁珠法,其中柱提法試劑盒采用的裂解系統(tǒng),無需有毒的酚/氯仿抽提,能在迅速裂解組織或細(xì)胞的同時抑制細(xì)胞釋放出的內(nèi)源RNase,保持RNA的完整性,通過吸附柱獲得RNA。手工磁珠法的原理是磁珠表面具有吸附作用的特定活性官能基團(tuán)可特異高效地吸附核酸。將細(xì)胞裂解后,加入磁珠對核酸進(jìn)行吸附,通過洗滌試劑純化去除雜質(zhì)獲得純凈的核酸。但手工法RNA提取技術(shù)始終存在著耗時、繁瑣、低效率等問題。
(2)自動化RNA提取技術(shù)
近年來分子診斷技術(shù)快速發(fā)展,實(shí)驗的操作朝著更為簡單和人性化的方向發(fā)展。分子診斷檢測的樣本類型多達(dá)數(shù)十種,而處理后RNA產(chǎn)物適用的檢測項目也涵蓋了熒光定量PCR、基因測序、基因芯片等各類分子生物學(xué)技術(shù)平臺。然而,無論是哪一類檢測項目,準(zhǔn)確的檢驗結(jié)果無疑依賴于高質(zhì)量的標(biāo)本及標(biāo)本前處理過程。磁珠法RNA提取試劑加自動核酸提取儀,就成為解決臨床分子診斷樣品前處理的組合。
4. 血液RNA樣本手工提取VS自動提取
血液由血漿和血細(xì)胞兩部分組成,血液RNA主要存在白細(xì)胞中,紅細(xì)胞中有非常豐富的核糖核酸酶(RNase),會對RNA造成嚴(yán)重的降解,最大限度地降低RNase的影響是保證血液高質(zhì)量RNA提取的關(guān)鍵。與手工法提取相比,自動化提取血液RNA操作更加簡便、快速,可有效減少手工提取的操作失誤,同時的降低外源性RNase的污染,確保所提RNA產(chǎn)物的質(zhì)量和純度。
致善自動化血液RNA提取系統(tǒng)
---全血直提,解放雙手
Lab-Aid® 824s/896自動核酸提取儀+血液RNA提取試劑
圖片
? 最快37分鐘完成96份血液RNA提取
? 無需前處理,一步加樣即可獲得高質(zhì)量RNA
? 兩種型號提取儀,靈活提取,有效避免試劑浪費(fèi)
? 最多2mL大體積加樣,保證RNA提取總量
? 提取全血樣本和白細(xì)胞樣本等
精準(zhǔn)分型,精準(zhǔn)診療